Nella Chiesa Neo-Apostolica si conoscono i tre sacramenti stabiliti da Dio.

Il sacramento del Santo Battesimo d'acqua rappresenta la prima e fondamentale elargizione di grazia della Trinità di Dio nei confronti dell'essere umano. L'anima è purificata dal peccato originale e il battezzando viene accolto nella comunione di coloro che credono in Gesù Cristo e lo riconoscono quale loro Signore. Anche i bambini possono ricevere il sacramento del Santo Battesimo. In questo caso sono i genitori a professare per loro la fede nel Vangelo.

La Santa Cena è una festa della gioia e del ringraziamento, in commemorazione del sacrificio meritorio del Figlio di Dio, il quale si lasciò crocifiggere per i peccati dell'umanità, pur avendo vissuto senz'alcuna propria colpa. "Il corpo e il sangue” di Gesù sono oggi offerti come pane e vino, sotto forma di un'ostia. Prendendo l'ostia con fede, l'uomo accoglie in sé l'indole di Gesù e riceve nuove forze per vincere tutto ciò che potrebbe costituire un ostacolo all'eterna salvezza dell'anima.

Il sacramento del Santo Suggello è la dispensazione di Spirito Santo. I due sacramenti, Santo Battesimo con acqua e Santo Suggello, rappresentano insieme la rinascita d'acqua e di Spirito. Chi è rinato è membro del corpo di Cristo ed erede della futura magnificenza. Come avveniva nella Chiesa iniziale, anche oggi gli apostoli dispensano lo Spirito Santo (a bambini e adulti) mediante l'imposizione delle mani.