La direzione pastorale e organizzativa del distretto apostolico Svizzera incombe all’apostolo di distretto Thomas Deubel che rappresenta la Chiesa sia verso l’interno sia verso l’esterno. Lo affiancano cinque apostoli e otto vescovi.
Il 22 settembre 2024 il sommoapostolo Jean-Luc Schneider ha incaricato l’attuale aiutante d'apostolo di distretto Thomas Deubel nella funzione di apostolo di distretto per il distretto apostolico della Svizzera. È il presidente del comitato direttivo e in qualità di presidente, egli rappresenta la Chiesa sia verso l’interno sia verso l’esterno.
Thomas Deubel è nato il 21 febbraio 1964 e vive a Ipsach con la moglie Margarete. La coppia ha due bambini.
L’apostolo Rolf Camenzind sostiene l’apostolo di distretto nei suoi compiti pastorali e organizzativi nella Chiesa Neo-Apostolica in Italia.
La base giuridica della Chiesa Neo-Apostolica è costituita dagli statuti.